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Natürliche Nukleotid-Diversität von Kandidatengenen für den Blattaustrieb der Traubeneiche (Quercus petraea)

Quelle: Forstarchiv 81: 4, 146-149 (2010)
Autor(en): VORNAM B, GAILING O, FINKELDEY R

Kurzfassung: n den französischen Pyrenäen wurden fünf natürliche Populationen der Traubeneiche entlang eines Höhengradienten beerntet, um Einzelnukleotid-Austausche (SNPs: Single Nucleotide Polymorphisms) in Kandidatengenen, die an dem Blattaustrieb beteiligt sind, zu analysieren. Die genetische Diversität wurde für zehn Kandidatengene bestimmt. Abhängig von dem analysierten Gen variierte die Haplotyp(Hd)- beziehungsweise Nukleotid-Diversität (π) von 0,422 bis 0,995 und von 1,6 x10-3 bis 62 x10-3. Im Mittel wurde über kodierende und nicht-kodierende Regionen hinweg alle 13 bp ein Nukleotid-Austausch gefunden. Generell zeigten die Populationen entlang des Gradienten nur eine geringe Nukleotid-Differenzierung, nur für das Genfragment Dhn 1 konnte eine Differenzierung von 15 % gefunden werden.


Naturally occurring nucleotide diversity of candidate genes related to bud burst in sessile oak (Quercus petraea)

Abstract: Five natural populations of sessile oak were sampled along an altitudinal gradient (100 to 1600 meters) in the French Pyrenees in order to validate functionally important SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) in candidate genes involved in the timing of bud burst. Genetic diversity was analyzed for ten candidate genes. Depending on the analysed candidate gene the estimates of haplotype (Hd) and nucleotide diversities (π) varied from 0,422 to 0,995 and from 1,6 x10-3 to 62 x10-3, respectively, and one SNP per 13 bp across coding and non-coding regions was detected. Furthermore, we found low nucleotide differentiation between the populations sampled along the cline, only the gene fragment of Dhn 1 showed with 15% a higher differentiation.

© DLV München

 

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